Когда Аввакум и его соузники узнали о постановлении об их смертной казни, они стали умолять воеводу выполнить его без промедления, из боязни, как бы не появилась отмена приказа.
День в день, ровно через двенадцать лет после кровавых казней, совершенных под руководством Елагина, 14 апреля 1682 года, в Великую пятницу, на еще замерзшей площади в Пустозерске были навалены бревна с кучей соломы, а вокруг ветки елок и берез. Все жители жалкого посада, согласно указу, должны были присутствовать. Осужденные приближались с пением молитв. Федор и Аввакум взаимно испросили прощения друг у друга. Протопоп дал свое последнее благословение; все дали друг другу последнее лобзание мира.
На костре они подняли правую руку, соединив персты согласно своему исповеданию и возгласив народу: «Се истинный крест, за который мы умираем!» Какой-то стрелец зажег костер. Все сняли шапки. Охваченный пламенем Аввакум еще громко воскликнул: «Братия, всегда молитесь этим крестом и вы обрящете жизнь вечную. Если когда-нибудь оставите его – вы погибли».
Вдруг раздался крик. Всем представилось, что они видят высокую фигуру протопопа, наклонившегося к тому, кто не выдержал муки. Епифаний был поднят над костром и исчез из виду: многие из присутствовавших утверждали, что он был взят на небо. Вскоре костер погас, и на его месте обнаружили лишь испепеленные останки мучеников.
Позднее некоторые утверждали, что на дороге они повстречали Епифания, который сказал им подобно воскресшему Христу, обратившемуся к своим ученикам: «Мир вам», – и добавил: «Я жив, не сомневайтесь, сообщите это братьям, дабы они утвердились в старой вере». Дополнили также последние слова Аввакума: «Если вы когда-нибудь оставите его (двуперстное крестное знамение), ваш посад погибнет, погребенный под песком, и конец его будет концом мира».