Флорентинцы выступили против Савонаролы по соображениям чисто политическим. Семь лет терпели они постоянные распри и раздоры, живя под угрозой папского проклятия и отлучения города от церкви, что сразу привело бы к прекращению торговли и самой ужасной смуте.
Город нуждался в трехпроцентном налоге на церковное имущество, и папа был согласен разрешить этот налог при условии, если Савонарола смирится и смолкнет. Флорентинские избиратели лишили доверия Синьорию, поддерживавшую Савонаролу, и выбрали новый Совет, враждебный ему. Во Флоренции, как во времена гвельфов и гибеллинов, назревала гражданская война.
Седьмого апреля на площади Синьории был возведен помост, бревна его вымазали смолою. Собралась огромная толпа зрителей. Францисканцы не желали выйти на площадь, требуя, чтобы фра Доменико входил в огонь без гостии. Часы ожидания шли и шли, пока не разразилась буря и не пошел дождь, заливший помост и разогнавший толпу; ни торжество костра, ни сожжение теперь было уже невозможно.
На следующую ночь противники Савонаролы напали на монастырь Сан Марко и перебили немало его последователей. Синьория арестовала Савонаролу, фра Доменико и фра Сильвестро, второго помощника Савонаролы, заключив их в колокольную башню своего дворца. Папа направил во Флоренцию своего агента, требуя, чтобы Савонаролу доставили в Рим. Синьория отказалась выполнить это требование, но назначила комиссию Семнадцати, которая должна была допросить Савонаролу и добиться у него признания в том, что его проповеди не были внушены Богом.
Савонарола твердо стоял на своем. Комиссия пытала его, сначала истязая на дыбе, а потом вздергивая на веревках и внезапно швыряя на пол. Савонарола впал в беспамятство, начал бредить, а затем согласился написать признание. Прекратив пытки, его отвели в темницу. То, что он написал, Синьорию не удовлетворило. Его стали пытать снова. Истощенный постами и ночными молитвами, Савонарола не выдержал мучений и подписал признание, составленное нотариусом, хотя сделал это не сразу, а уже после третьих пыток.
Комиссия признала Савонаролу виновным в ереси. Специальный совет присяжных, созданный Синьорией, приговорил его к смерти. В тот же день папа разрешил Флоренции взимать трехпроцентный налог со всего церковного имущества Тосканы.
На площади Синьории, близ ступеней дворца, возвели три помоста. Публика стала заполнять площадь еще с ночи, окружая тесным кольцом виселицу. К рассвету на площади и на прилегающих к ней улицах уже стояла сплошная толпа.
Савонаролу, фра Доменико и фра Сильвестро вывели на ступени дворца: одежда на них была изодрана, тонзуры расцарапаны. Они взошли на эшафот и молча помолились. Затем взобрались по лесенке под самую виселицу. Им надели на шеи веревочные петли и железные цепи. Через минуту они уже раскачивались в воздухе со сломанными шейными позвонками.
Костер под виселицей подожгли. Пламя взвилось вверх. Три трупа долго висели, держась на цепях, так как веревки уже сгорели. Арраббиати кидали в полуобгоревших мертвецов камнями. Затем собрали пепел и повезли его на телегах к Старому мосту, где сбросили в реку Арно.