8 января 1775 года последовал рескрипт Екатерины генерал-прокурору сената Вяземскому о приведении приговора над Пугачевым, Перфильевым и другими в исполнение.
Казнь Пугачева и его сподвижников была совершена два дня спустя на Болоте. Площадь, где высился эшафот с пространным помостом и виселицами по сторонам, оцеплена была войсками. За этот живой частокол из солдат с ружьями наизготове пропускали лишь сановников и крупных дворян. Народ тучею стоял за войсковым каре и заполнял не только площадь, но и прилегающие к ней улицы.
«…Дворян и господ пропускали всех без остановки, и как их набралось тут превеликое множество, то, судя по тому, что Пугачев наиболее против их восставал, то и можно было происшествие и зрелище тогдашнее почесть и назвать истинным торжеством дворян над сим общим их врагом и злодеем» — писал очевидец казни Болотов.
Когда приготовления на эшафоте «к истинному торжеству дворян» были закончены, показались в сопровождении конных солдат сани с высоким помостом, на котором стояли Пугачев и Перфильев. Против них устроился священник с крестом в руке, рядом — чиновник Тайной канцелярии.
В руках Емельяна Ивановича, изможденного, бледного, заросшего пегим, в преждевременной седине, волосом, горели две толстых свечи. Воск оплывал и падал каплями к ногам его.
Глаза Пугачева были сухи. С плеч его свисал нагольный овчинный тулуп. Он кланялся народу то в одну, то в другую сторону. Из толпы устремлены были на него сотни пар глаз, вблизи слышался затаенный шепот, издали, подобно шуму прибоя на Волге, доносился гул. «Все смотрели на Пугачева пожирающими глазами, и тихий шепот и гул раздавался в народе», — свидетельствует в своих записках Болотов.
Сани приблизились к эшафоту, Пугачев и Перфильев взошли по лестнице на помост. На помосте — плахи с топорами и распростертые, ожидавшие своего конца пугачевцы. Едва Пугачев занял свое место, чиновник принялся за оглашение сенатского приговора. Чтение продолжалось около часа. Пугачев шевелил губами, как бы над чем-то своим раздумывая, порою крестился. Крестились и там, за частоколом солдат, в народе. «Были многие в народе, — пишет очевидец Болотов, — которые думали, что не воспоследует ли милостивого указа и Пугачеву прощения, и бездельники того желали, а все добрые того опасались».
Желания «бездельников» не осуществились и не могли, разумеется, осуществиться, потому что вместе со всеми крепостниками «первая дворянка среди дворянства» жаждала крови того, кто в течение долгих месяцев держал помещичью Россию в трепете.
Чтение приговора закончилось. Наступила нерушимая, на всю площадь, тишина, и тогда послышался громкий голос Пугачева: «Прости, народ православный, отпусти мне, в чем я согрубил перед тобою!» Он кланялся на все четыре стороны и повторял: «Прости, народ православный!»
Подручные палача кинулись на Пугачева, сорвали с него тулуп, и он сам, помогая палачам, сбросил с себя шелковый малиновый кафтан. Затем он взмахнул руками и припал к плахе. В руках палача блеснул топор. Из толпы стоном пронесся гул голосов, Раздался одинокий возглас:
«Сложил неуклонную головушку на плаху!»
Палач еще держал за волосы в высоко вскинутой руке голову Пугачева, когда стоявший вблизи чиновник, по свидетельству Болотова, бросился к нему, палачу, с криком:
«Ах сукин сын, что ты это сделал?.. Ну, скорее — руки и ноги!»
И вновь застучал топор, отделяя от туловища казненного руки и ноги. В ту же минуту на виселицах закачались тела повешенных.
Все было кончено.
Екатерина уверяла впоследствии, что палач отрубил приговорённому к четвертованию сначала голову по ее приказанию; она хотела показать, что у нее больше гуманности, нежели у Людовика XV, четвертовавшего покушавшегося на него Дамьена. Что было, скорее всего, правдой - за такую самодеятельность палач всенепременно загремел бы в Сибирь на вечную каторгу - после жуткой порки кнутом и клеймения лица.